Yleensä jos huonekasvit ovat hyväkuntoisia ja elinvoimaisia tauteja ja tuholaisia esiintyy harvoin. Hyvästä hoidosta huolimatta ne joskus kuitenkin vaivaavat kodin kasveja. Huonekasveilla esiintyy tuholaisia tauteja enemmän.
Vihannespunkit vaivaavat nimestään huolimatta monia kukka- ja viherkasvejamme. Ne viihtyvät kuivassa huoneilmassa joten kasvien ahkera sumuttelu on punkkien hyvä ehkäisykeino. Punkkien läsnäolon huomaa viimeistään lehtiä peittävästä seitistä.
Myös kirvat ovat tavallinen vaiva huonekasveilla. Kirvat imevät kasvinesteitä ja erittävät tahmeaa mesikastetta. Ne iskevät niin kasvin varsiin, lehtiin kuin kukkien nuppuihinkin. Kirvoja voi yrittää torjua tolu- tai mäntysuopaliuoksella.
Ripsiäiset ovat kapeita hyönteisiä, jotka imevät kasvien lehtiä ja kukintoja. Ne hakeutuvat mielellään lehtien alapinnoille. Kasviin ilmaantuu harmahtavia laikkuja. Ripsiäisten vierailun tunnistaa myös pienistä tummista ulostepisteistä. Tolu- tai mäntysuopaliuos voi purra ripsiäisiin ellei niitä esiinny vielä paljon. Pahoissa saastunnoissa voi käyttää puutarhamyymälöiden torjunta-aineita.
Ansarijauhiaiset ovat pieniä ja valkoisia perhosta muistuttavia hyönteisiä. Ne huomaa helposti kasvia liikuteltaessa jolloin ne lehahtavat pilvenä lentoon. Ansarijauhiaiset imevät kasvin nesteitä ja erittävät tahmeaa ainetta, johon nokihärmäsieni helposti iskee. Erityisesti atsaleoita, verenpisaroita, ruukkuruusuja ja jalopielikkejä kannattaa tarkkailla ansarijauhiaisen varalta. Torjuntakeinoja ovat kasvin ahkera sumuttaminen ja hyönteismyrkyt.
Kilpikirvat ja villakilpikirvat ovat huonekasvien hankalimpia tuholaisia. Kilpikirvat suojautuvat kilpiensä alle ja kiinnittyvät tiukasti etenkin lehtien alapinnoille ja varsiin imien niistä kasvinesteitä. Kilpikirvoja voi rapsutella kasvista pois tai yrittää torjua niitä mäntysuopaliuoksella. Jos mahdollista, koko kasvi kannattaa upottaa suopaveteen joksikin aikaa, jolloin kilpikirvat irtoavat kasvista. Puumaisia kasveja suosivilla villakilpikirvoilla on kilpien lisäksi villamaiset vahapeitteet suojanaan. Yleensä ne kiinnittyvät pumpulimaisiin ryppäisiin lehtihankoihin. Villakilpikirvoja voi yrittää hävittää käsin nyppimällä tai suopaliuoksella.
Huonekasveja voi joskus kiusata harmaahome tai härmä. Molemmat ovat sienitauteja, jotka ilmaantuvat kasvuolosuhteiden epätasapainotilanteissa. Harmaahome viihtyy kosteassa ja märässä kasviaineksessa viileissä olosuhteissa ja mädättää kasvinosia. Harmaahomeelle alttiita ruukkukasveja ovat esimerkiksi pelargonit, begoniat, esikot, atsaleat, verenpisarat ja tohvelikukat. Härmä on kuivempaa valkoista hometta joka on usein seuraus huonosta ilmanvaihdosta, kasvin liian tiheästä kasvusta tai liian kuivasta mullasta. Erityisesti begonioita kannattaa tarkkailla härmän varalta.